ভারতীয় রেলের তদন্তে ইলেকট্রনিক ইন্টারলকিং সিস্টেম ট্যাম্পারিং করাই করমন্ডল দুর্ঘটনার কারণ বলে সুস্পষ্ট প্রমাণ মিলেছে। তাই, সিবিআইয়ের হাতে এই তদন্ত তুলে দেয়া হয়েছে কে বা কারা এই ঘটনার সঙ্গে যুক্ত তা খুঁজে বের করার জন্য। একটি পেশাদার এজেন্সি ছাড়া এই কাজ অসম্ভব বলেই সিবিআইকে আনা হয়েছে। ভারতীয় রেল ভবনের একটি সূত্র উদ্ধৃত করে দিল্লি থেকে প্রকাশিত সংবাদপত্র টাইমস অফ ইন্ডিয়া এই খবর ছেপেছে। সিবিআই সোমবার বিকেল থেকেই এই বিষয়ে তদন্ত শুরু করেছে। দিল্লি থেকে বিশেষ একটি টিম পৌঁছেছে বালেশ্বরে। বাহানাগা বাজারের কেবিন তারা পরীক্ষা করেছে। এই কেবিনের কাজকর্ম পর্যবেক্ষণের জন্য রাখা সিসিটিভির ফুটেজও তারা পরীক্ষার জন্য নিয়ে গেছে। রেলের অনুমান সিসিটিভির এই ভিডিওতেও ট্যাম্পারিং করা হয়ে থাকতে পারে। রেলমন্ত্রী অশ্বিনী বৈষ্ণব বলেছেন, ইন্টারলকিং সিস্টেম এতটাই মজবুত যে তা বিকল হলে সব সিগন্যালই লাল হয়ে যাবে এবং সব ট্রেন লাইনে দাঁড়িয়ে যাবে।
করমন্ডল দুর্ঘটনার দিন তা হয়নি। কেবলমাত্র ভুল পয়েন্ট সেট করে লুপ লাইনের সবুজ সংকেত দিয়ে করমন্ডলকে সেদিকে যেতে বাধ্য করা হয়েছিল। যে দুষ্টবুদ্ধি এই কাজটি করেছে বা সঙ্গবদ্ধ প্রয়াস তা খুঁজে বের করাই সিবিআই তদন্তের উদ্দেশ্য।